Die Organe der Apothekerkammer - wie die Kammerversammlung, Kammervorstand und Präsidium - sind neben den weiteren Gremien und Ausschüssen von zentraler Bedeutung, um die Idee einer Selbstverwaltung lebendig werden zu lassen. In einer alle fünf Jahre stattfindenden Wahl entsendet der Berufsstand durch eine freie und geheime Wahl Delegierte seines Vertrauens in das oberste Organ der Kammer, die Kammerversammlung. Das "Apothekerparlament" wählt Kammervorstand und Präsident der Apothekerkammer Westfalen-Lippe. Das Apothekerparlament tritt zweimal jährlich zusammen.

Für die Dauer der Wahlperiode bildet die Kammerversammlung Ausschüsse für bestimmte Arbeitsgebiete zur Vorbereitung der Beschlüsse der Kammerversammlung und des Kammervorstandes. Die Ausschüsse haben beratende Funktion.